L’une des remarques qui pourrait être faite aux toilettes sèches sont les risques sanitaires liés aux pathogènes véhiculés dans nos selles et nos urines (si infection urinaire il y a). Comme dans le cas des STEP, les résidus des nos toilettes sèches ne garantissent pas que l’intégralité des agents pathogènes présents dans les matières fécales soient éradiqués.
Selon Schönning et Stenström (2004), la concentration des organismes pathogènes entériques diminue habituellement avec le temps après l’excrétion. Les protozoaires et les virus ne peuvent accroître dans l’environnement en dehors d’un hôte et donc leur nombre décroît toujours, alors que les bactéries peuvent se multiplier si les conditions environnementales leur sont favorables. Les mêmes auteurs montrent dans le tableau, page suivante, que le compostage (compostage avec ou sans ajout de copeaux, vers…) est la solution à l’éradication des pathogènes.
Concernant les toilettes à lombricompostage (ou toilettes à séparation), une étude réalisée par le laboratoire d’hygiène hospitalière de Lyon (1995) pour l’entreprise Ecosphère Technologie, montre (sur un système à lombricompostage dont le compostage se fait par ingestion de la matière fécale uniquement par des vers (Eisenia foetida)) sur les prélèvements réalisés une disparition complète des coliformes fécaux (Escherichia col) ainsi que des Salmonelles. Concernant les vers, il n’a pas été mis en évidence de germes digestifs présumés pathogènes.
Les urines qui constituent le seul rejet dans le milieu (les matières fécales et les papiers toilettes sont traités à l’intérieur des toilettes), via une tranchée d’épandage, sont généralement stériles et possèdent des propriétés auto désinfectantes fortes (Schönning et Stenström, 2001).
Comme le précise Renaud de Looze dans son ouvrage « l’urine, de l’or liquide au jardin » (2016) face au scepticisme des gens sur la consommation de légumes fertilisés à l’urine : « l’urine excrétée par une personne en bonne santé n’est pas toxique, elle est même consommée par certains (urinothérapie). C’est un engrais bio comme un autre. Des organismes pathogènes peuvent s’y développer, en particulier sous climats tropicaux […] A noter tout de même que les germes infectieux disparaissent en contact avec l’ammoniaque et ensuite sous l’action des organismes du sol. »